朱翊钧在二月初要求内阁、兵部尽快整理出南苑宫室，成立武学，以百日为限完成。

但朱翊钧忽视了一个问题，这南苑宫室他带着人去住没问题，但改成学校——这违制之处多如牛毛，甚至可以说拆了重建都比改建轻松。

内阁移文礼部、工部，组织精通礼制官员和匠工，参与到改建计划之中，这三个部一起共事——每日扯皮之事就让张居正焦头烂额。

直到王国光入阁，专责抓总南苑武学兴建之事，这进度才大大加快。到了六月底，这南苑武学才有了大模样。但万历二年京师雨水多，这油漆等项装修扫尾现在还在施工。

不光建设进度不如朱翊钧的意，按照他提出的办学指针，这机构架子搭的也慢。三月底，领导人选才基本选定，教材开始编撰。

武学按照朱翊钧的设置，设山长一名，皇帝亲任；副山长五人，常务副山长戚继光，已经履职；副山长定国公徐文壁，分管训练和招生，已经履职；副山长谭纶，负责武器装备和教学设置，兼职；副山长葛守礼，分管教务，兼职；副山长张鲸，负责后勤。

因为这武学领导眼见着是皇帝重要核心圈人选，各方势力为了这副山长职务几乎打破头。连李太后都接了命妇好几次请托。

张居正因要避嫌，在武学副山长选定一事上基本不参与意见，朱翊钧问了几次都不得要领。后来，只能乾纲独断，选了上述自家了解比较深的几个，暂时做了副山长。