李斯知道这一情况后，才恍悟自己中了赵高的圈套。

他上书给二世，一面申诉自己的冤屈，一面指出赵高“有邪佚之志，危反之行”，提醒二世当心。

然而此时的胡亥，早就被赵高完全迷惑，他将李斯的申诉书交给赵高过目，嘱其小心。这样的君主，也真够可以的了。

赵高佯作悲伤，凄凄惨惨地说：“丞相父子谋逆之心已久，所担心的无非是臣一人。臣死不足惜，只是放心不下陛下的安危。”

二世安慰赵高道：“爱卿不必挂心，有朕在，谁敢动你。”自此赵高更加肆无忌惮。

过了不久，李斯邀同将军冯劫和右丞相冯去疾联名上奏二世，建议暂停阿房宫的工程，减少边区戍守和转输，以缓解民愤。

二世对李斯本就有怒气，借此事一触即发，咆哮道：

“这些都是先帝开创的功业，必须继续做下去。如今我才即位两年，就蜂盗并起，完全是因为你们这些人镇压不力所致，反倒想罢先帝之所为。你们身为两朝重臣，上无以报先帝，次不为朕尽忠，还有何资格占着丞相、将军的位子。”

说罢，下令将他们交付廷尉审办。

冯去疾、冯劫不堪其辱，很快就在狱中含恨自杀。

胡亥派赵高审讯李斯父子谋反的案件，赵高天天严刑逼供，直打得李斯皮开肉绽，血肉模糊。

李斯实在受不住严刑拷打，只得招了假供。

他之所以不自杀，是因为自思有雄辩之才，又是秦帝国的有功之臣；而且，自己也的确没有谋反，说不定通过上书二世就会赦免他。