然而。成为了新皇帝的朱棣，对于她们并非毫无忌惮，甚至些有过之而无不及，他虽然没有向他的父亲那样，对于这个神秘组织大开杀戒，但他却更想把这个神秘组织，查明的清清楚楚明明白白，以便对他们进行有效控制。

正是出于这个目的，他让人将所有隐晦的暗示出这个神秘组织的文献编纂到一起，这便是后来的永乐大典。他希望自己的后世子孙，能够从这些晦涩难懂的蛛丝马迹中，彻底理清这个神秘组织的脉络。同时由于听说这个秘密组织，在海外还拥有更加庞大的武装力量。随时都拥有颠覆一个王朝的力量，他不惜耗费巨资，打造空前庞大的船队，让心腹之人率领，先后七次出海，寻找神秘组织的海外基地。这便是后世所称的“郑和下西洋”。

由于大明王朝二百多年，十六位皇帝，都在极力寻找和限制这个神秘组织发展。在被大肆屠杀后的一百多年间，元气大伤的神秘组织，始终一蹶不振，再也无法发挥出原本的作用。最终当清军入关之际，他们丝毫没有力量，能够加以抵抗，更无力帮助大明皇朝回天，就这样大明王朝自己断送了自己的国运。

大清吸取大元灭亡的教训，知道这个神秘组织的厉害，仅仅只用了九十八的时间，就使得世界上从未有过，也很可能绝不会再有的，空前强大的大元帝国灰飞烟灭，大清国可绝对不想重蹈覆辙。

他们开始变本加厉的搜捕这个神秘组织的成员，借鉴永乐大典的经验，咬文嚼字的从各种文献内，找出可能与这个什么组织有关的信息然后大兴文字狱。

曾有传言称，在这个神秘组织岌岌可危之时，整个组织的成员甚至不少十人，由于千百年来，该组织始终坚持分为三派，才一次又一次的，避免了被人一网打尽，根脉尽断的恶果。