急于早日回国尽忠报效的朱之瑜，终于在永历十一年等来了日本船，准备乘舟渡海归国。不料在二月遭安南供役之难，被羁五十余日。

安南权臣郑柞知道朱之瑜是大明有名学者，便留住他，拜他官爵，迫他行臣子跪拜礼，朱之瑜直立不肯跪。差官举杖画一“拜”字于沙上，朱之瑜乃借其杖加一个“不”字于“拜”字之上。郑柞大怒，当着朱之瑜的面，杀了许多人威吓他，朱之瑜始终没有屈节，真正做到了威武不能屈。

郑柞见状，只得放过朱之瑜。随后未过多久，安南遭到太平军的远征军攻击，安南军队屡战屡败，最终和太平军签订丧权辱国的《海阳条约》。

条约规定安南方面必须释放被囚的明朝官民，当时远征军都督赵自强一心只想救出公主一行，并不知道朱之瑜就在安南。安南方面却以为明军是要他们释放所有被囚明朝官绅，所以将朱之瑜也给放了。

被释放的朱之瑜因为没有官身，太平军方面也不知道他的存在，所以并未对其加以重视。朱之瑜也因为对太平军不知底细，一心只想去金厦相助鲁王，所以也没有选择去广东，而是搭乘了一艘商船前往金厦。

朱之瑜回到思明后，时值郑成功和张煌言会师北伐，他欣然从军。北伐军收复瓜州，攻克镇江等役，朱之瑜都亲历行阵。北伐军一度进军顺利，收复四府二州二十四县，直抵南京城郊，兵威震动东南。

然而由于郑成功目光短浅，盲目屯兵南京坚城之下，贻误战机，且律兵不严。致使北伐军在南京城外被击败，郑成功转而退往福建沿海，后行师海上。张煌言部浙军也在清军的围剿下崩溃，后被从江西赶到的太平军相救。

郑军撤兵时，朱之瑜和郑成功失去联络，在江南躲了几天后，听到的到处都是北伐军被清军歼灭的消息，甚至传闻张煌言也叫清军抓获。朱之瑜绝望之下，认为复明无望，但又誓死不肯剃发降清，遂在友人帮助下凄沧渡日，发誓永不回到故国。

朱之瑜东渡日本后，却因日本施行锁国政策，三四十年不留一唐人，未能获准登岸，困守舟中。日本学者安东守约闻朱之瑜到来，以手书向朱之瑜问学，执弟子礼。安东守约等人为其在日定居奔走，后郑芝龙次子田川知道此事后，出力帮助朱之瑜游说日本幕府，终于使幕府破了40多年国禁，得以在长崎租屋定居，结果长达十多年的海上漂泊生活。