江阴百姓抗清的消息传开以后，清常州知府宗灏派兵丁三百人赶来镇压，闰六月初五日被江阴义民歼灭于秦望山下。清军统帅多铎见江阴蕞尔小城竟敢于抗命，派降将刘良佐领兵来攻。刘良佐部兵数万自闰六月下旬包围江阴县城，屡攻不利，一再派使者用弓箭射书信入城招降，甚至亲自来到城下现身说法，要阎应元投降。dudu1;

应元在城头痛斥良佐的背叛明朝，他道：“有降将军，无降典史！”

刘良佐无言可对。多铎先派恭顺王孔有德率所部兵协攻，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携红衣大炮前往攻城。博洛来到江阴城下，认为刘良佐曾任明朝伯爵，手握重兵，却连一个江阴县城也攻不下来，打了他一顿板子。刘良佐惭恨不已，督促部下拚命攻城。

阎应元、陈明遇鼓励城乡义勇扼守危城，多次派徽商程璧等人出城联络各地义师来援，却始终没有得到江浙救兵。坚持到八月二十一日，清军集中大炮轰击城东北角，城墙崩塌，清军蜂拥而上，江阴失守。陈明遇巷战而死，阎应元负伤后投湖，被清军从水中拖出，不屈遇害。清军随后屠城，杀戮一空，其逃出城门践溺死者，妇女、婴孩无算。清军屠城至二十三日午后才出榜安民，城内百姓仅剩大小五十三人而已。

在福州继统的隆武皇帝听说泾县和江阴百姓坚贞不屈抗清事迹后，深为感动，道：“吾家子孙即遇此二县之人，虽三尺童子亦当怜而敬之。”

江阴百姓抗清同时，嘉定县民也因清政府强迫剃发起兵。弘光朝廷覆亡后，六月十四日嘉定已经沦入清方之手，二十四日清朝委任的知县张维熙上任。闰六月十二日颁布剃发令，嘉定百姓愤愤不平，拒不从命。有人征询著名乡绅侯峒曾（天启五年进士，弘光时任通政司左通政使）的意见。侯峒曾毅然回答：“闻徐太史汧护发自裁，何不奋义？即不可为，乃与城存亡，未晚也。”

十七日侯峒曾带领两个儿子侯玄演、侯玄洁，进士黄淳耀及其弟黄渊耀入城倡义反清复明。他们同当地士绅会议后，决定率领百姓上城画地而守，城上树立白旗，大书“嘉定恢剿义师”。