嘉定绅民起义反清后，清军立即领兵来攻。侯峒曾、黄淳耀等人想借用城外乡兵扼阻清兵。可是，四乡乡兵都是临时组织起来的农民，根本没有作战经验，人数虽多，却难以同正规清军作战。七月初一日，会兵砖桥东，不下十余万人，排挤拥塞，纷呶如聚蚊，多适为累。清兵每战必分左、右翼；乡兵不识阵势，呼为蟹螯阵。每发挑战，多不过十余骑，皆散落不集一处。诸乡兵遥见兵出，拥挤益甚，手臂摩戛，轧轧作声。双方才一交锋，乡兵就不战自溃，走者不知所为，相蹈藉而死，许多人被挤入河中淹死，尸骸乱下，一望无际。dudu2;

七月初三日，清军大举攻城。次日城破，侯峒曾奋身投入池中，被清兵拖出斩首，其子玄演、玄洁遇害，黄淳耀、渊耀等自缢。清军在城中大肆杀戮，家至户到，小街僻巷，无不穷搜；乱苇丛棘，必用枪乱搅，知无人然后已。城中僵尸满路，皆伤痕遍体，此屡砍使然，非一人所致也。乞命之声，嘈杂如市，所杀不可计数。其悬梁者、投井者、断肢者、血面者、被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉，弥望皆是，亦不下数千人。三日后自西关至葛隆镇，浮尸满河，舟行无下篙处。

昆山县绅民在原郧阳抚院王永祚、翰林院编修朱天麟、知县杨永言等倡义下，杀清委知县阎茂才（原为明朝该县县丞），起兵反清，推废将王佐才为帅。七月初六日，清军破城，朱天麟等逃出，王佐才被俘杀。清军屠城，士民死难者达数万人。

苏州由弘光朝兵备副使杨文聪起兵，城中起事的民众有几万人。清兵围城后参将鲁之玙战死，从水路增援的吴淞总兵吴志葵败退，杨文聪弃城南去（后吴志葵、杨文聪均战死），苏州城破后遭清军屠城，搜索杀戮，抢掠妇女，城中死人无算。

常熟由兵部主事严子张起兵，坚持了一个半月，城破后遭屠城，两日一夜城中被屠干净，凡通衢小巷，桥畔河干，皆积尸累累。

太仓由民间帮会乌龙会领头，失败后遭屠城，掠妇女千计，童男女千计，杀人万计，积尸如陵。

潥阳由进士钱国华起兵，失败后退守南山，遭清军围剿，尽屠南山一路，凡百余里，杀伤无数，积尸如山，自经兵火，未有如斯之甚者。